ترك سماحة الإمام الخميني عشرات الكتب والآثار القيّمة في المباحث الأخلاقية، العرفانية، الفقهية، الأصولية، الفلسفية، السياسية، والاجتماعية غير غير أن عدداً من رسائله ومؤلفاته النفيسة فقدت أثناء الانتقال من منزل مستأجر إلى آخر، وأثناء العديد من حملات السافاك على منزله ومكتبته الشخصية. نورد هنا جرداً بأسماء آثار ومؤلفات الإمام الخميني قدس سره حسب تاريخ كتابتها.

1- شرح دعاء السَحَرْ: كتاب يضم مسائل عرفانية، فلسفية وكلامية عميقة، إستند فيه الإمام على الآيات القرآنية وروايات أهل بيت العصمة عليهم السلام في شرح دعاء المباهلة المعروف بدعاء السحر. كتبه عام 1347هـ (1928م) باللغة العربية.

2- شرح حديث رأس الجالوت: شرح لحديث رأس الجالوت (إحتجاجات الإمام الرضا عليه السلام) على أصحاب الأديان المختلفة، وعلى اليهود في قضية رأس الجالوت كتبه عام 1348هـ (1929م).

3- حاشية الإمام على شرح حديث رأس الجالوت: تعليقة على شرح المرحوم القاضي سعيد القمي (من عرفاء القرن الحادي عشر) لحديث رأس الجالوت أيضاً.

4- الحاشية على شرح الفوائد الرضوية: هذا الأثر العرفاني، حاشية على كتاب شرح الفوائد الرضوية للمرحوم القاضي سعيد القمي.

5- شرح حديث جنود العقل والجهل: أثر يضم آراء الإمام الكلامية والأخلاقية والعرفانية بشكل أوضح، ومن خلاله أتاح سماحته الفرصة لشريحة أوسع من الجماهير للاستفادة منه.

6- مصباح الهداية إلى الخلافة والولاية: يعتبر هذا الكتاب من أعمق وألمع آثار العرفان الإسلامي في عصرنا الحاضر، فرغ الإمام من تأليفه في عام 1349هـ (1930م) وهو في سن الثامنة والعشرين من عمره، ويقع الكتاب في 315 صفحة.

7- الحاشية على شرح فصوص الحكم: كتاب فصوص الحكم من تأليف الشيخ الأكبر محيي الدين بن عربي (من العرفاء اللامعين في العالم الإسلامي) وفي عام 1355هـ (1936م) كتب الإمام الخميني تعليقه باللغة العربية على شرح فصوص الحكم للقيصري، تشير إلى اطلاع الإمام على آراء أساطين العرفان، وقد طبع هذا الكتاب مع الكتاب الذي سنورده أدناه في مجلد واحد باسم "تعليقات على شرح فصوص الحكم ومصباح الأنس" ويقع الكتاب في 329 صفحة.

8- الحاشية على مصباح الأنس: كتاب "مصباح الأنس بين المعقول والمشهود" شرحٌ كتبه محمد بن حمزة بن محمد الغفاري على كتاب (مفتاح الغيب) لأبي المعالي محمد بن إسحاق القونوي (من تلامذة محيي الدين بن عربي البارزين) كتب في موضوع العرفان النظري. وقد كتب الإمام الخميني آراءه ونقده العلمي على الكتاب بشكل حاشية استوعبت ثلث الكتاب المذكور وذلك في عام 1355هـ (1936م).

9- شرح الأربعين حديثاً: "الأربعون حديثاً" أو "شرح الأربعين حديثاً" أحد الآثار الأخلاقية والعرفانية النفيسة للإمام الخميني كتبه بالفارسية في عام 1358هـ (1939م) تعرض فيه لشرح مجموعة من أحاديث أهل البيت (34 حديث أولاً ثم أحد عشر حديثاً في المسائل الأخلاقية وستة أحاديث أخرى في المسائل الاعتقادية) ويقع في 900 صفحة.

10- سرُّ الصلاة (صرة العارفين ومعراج السالكين): كتابٌ قيّم في العرفان، كتبه سماحة الإمام باللغة الفارسية في بيان الأسرار المعنوية والعرفانية للصلاة وقد أتمه في عام 1358هـ (1942م).

11- آداب الصلاة: تم تأليف هذا الكتاب في عام 1361هـ (1942م) وبُعيد تأليف كتاب سرّ الصلاة. ليناسب حال العامة، كتبه باللغة الفارسية، ويقع الكتاب في 836 صفحة.

12- رسالة لقاء الله: رسالة موجزة كتبت باللغة الفارسية وتدور حول المسائل العرفانية. قام الإمام الخميني وخلال سنوات عديدة في قم بتدريس كتاب (الأسفار الأربعة) تأليف الفيلسوف الشهير صدر المتألهين، وكتب على مباحثه حاشية لم نعثر وللأسف على نسخةٍ منها إلى الآن.

13- كشف الأسرار: كتاب سياسي، عقائدي واجتماعي، كتبه سماحته في عام 1944م (1364هـ) أي بعد عامين من عزل رضا خان عن السلطة ردّ فيه على ما أثاره أحد الوهابيين من شبهات وتهم باطلة ضد الدين والعلماء في كتابه "أسرار هزار ساله" استند الإمام في كتابه على حقائق تاريخية، واستعرض ونقد فيه آراء الفلاسفة اليونانيين القدماء، والفلاسفة الإسلاميين والغربيين المعاصرين وطرح فكرة ولاية الفقيه في عصر الغيبة، ويقع الكتاب في 334 صفحة.

14- أنوار الهداية في التعليقة على الكفاية (مجلدين): كتاب يتناول المباحث العقلية في علم أصول الفقه، كتبه الإمام الخميني باللغة العربية وعلى شكل حاشية على المباحث المذكورة من كتاب كفاية الأصول لآية اللَّه العظمى الآخوند الخراساني رضي الله عنه وقد أتمه في عام 1368هـ (1949م) يوضح هذا الكتاب القيّم آراء ومدرسة الإمام الخميني الأصولية.

15- بدائع الدرر في قاعدة نفي الضرر: رسالة تحقيقية، اجتهادية كتبها الإمام باللغة العربية حول (قاعدة لا ضرر) التي تعتبر من القواعد الفقهية المهمة. أتمّ تأليفها في عام 1368هـ (1950م).

16- رسالة الاستصحاب: رسالة تفصيلية اجتهادية، كتبها سماحته باللغة العربية حول مبحث "الاستصحاب" الذي يعدُّ من المباحث البالغة الأهمية في علم أصول الفقه. أتمّ تأليفها في عام 1370هـ (1951م) ويقع الكتاب في 290 صفحة.

17- رسالة في التعادل والتراجيح: تمّ تأليف هذه الرسالة في عام 1370هـ (1951م) والتعادل والتراجيح من المباحث التكميليَّة في علم أصول الفقه، يدور حول المعايير في انتخاب الدليل في مقام تعارض الأدلة.

18- رسالة الاجتهاد والتقليد: الاجتهاد والتقليد أيضاً من المباحث التكميليَّة والمهمة في علم أصول الفقه. وقد استدل الإمام الخميني في هذه الرسالة الاجتهادية على آرائه. تم تأليف هذه الرسالة في عام 1370هـ.

19- مناهج الوصول إلى علم الأصول (مجلدين): كتاب تحقيقي واجتهادي في مباحث ألفاظ علم أصول الفقه، كتبه باللغة العربية، بعد عام 1370هـ (1951م).

20- رسالة في الطلب والإرادة: كتاب أصولي، فلسفي وعرفاني، أتم الإمام الخميني تأليفه في عام 1371هـ (1952م).

21- رسالة في التقيّة: رسالة فقهية واجتهادية كتبها الإمام في مبحث "التقية" في عام 1372هـ (1953م) باللغة العربية، وثبَّت من خلالها بأن فلسفة وجوب التقية إنما تدور حول حفظ الدين لا محوه.

22- رسالة في قاعدة من ملك: رسالة اجتهادية في القاعدة الفقهية الموسومة بـ "قاعدة من ملك".

23- رسالة في تعيين الفجر في الليالي المقمرة: رسالة فقهية واستدلالية في بيان كيفية تعيين طلوع الفجر في "الليالي المقمرة".

24- كتاب الطهارة (4 مجلدات): كتاب يشتمل على المباحث المتعلقة بـ"الطهارة" وهو من أبواب الفقه وقد كتبه الإمام الخميني باللغة العربية بين عامي 1373 و1377هـ (1954 و1958) وبأسلوب فقهي استدلالي واجتهادي، يقع الكتاب في أربعة مجلدات، ويتألف الكتاب كلّه من 1202 صفحة.

25- تعليقة على العروة الوثقى: حاشية الإمام الخميني على مسائل كتاب "العروة الوثقى" (كتاب آية اللَّه العظمى السيد محمد كاظم الطباطبائي اليزدي المشهور) تمَّ تأليفها في عام 1375هـ (1956م) ويشتمل الكتاب على فتاوى الإمام الفقهية في أبواب الفقه المختلفة وقد طبع مستقلاً ومع العروة الوثقى عدّة مرات.

26- المكاسب المحرّمة (مجلدين): أثر اجتهادي في الفقه الاستدلالي في موضوع أنواع المكاسب المحرمة والمسائل المتعلقة بهذا الأمر، كتبه الإمام الخميني في الفترة ما بين عامي 1377- 1380ه-(1956 و1961) باللغة العربية، ويقعان في 612 صفحة.

27- تعليقة على وسيلة النجاة: حاشية الإمام الخميني، الحاوية لفتاواه الفقهية على كتاب وسيلة النجاة (رسالة عملية، لآية اللَّه العظمى السيد أبو الحسن الأصفهاني).

28- رسالة نجاة العباد: رسالة تحوي فتاوى الإمام الخميني في الأحكام الفقهية، كتبها باللغة الفارسية، ويتألف الكتاب من ثلاثة مجلدات.

29- الحاشية على رسالة الإرث: حاشية الإمام الخميني، التي تحوي فتاواه الفقهية في أحكام الإرث، كتبها على (رسالة الإرث) للمرحوم الحاج ملا هاشم الخراساني (صاحب كتاب "منتخب التواريخ"). (باللغة الفارسية).

30- تقريرات درس الأصول لآية الله العظمى البروجردي: كتب الإمام الخميني في هذا الكتاب تقريراته عن دروس الأصول التي حضرها عند آية اللَّه البروجردي، وباللغة العربية.

31- تحرير الوسيلة (مجلدين): كتاب يحوي فتاوى الإمام الخميني، كتبه باللغة العربية أثناء وجوده في منفاه الأول (تركيا وذلك بين عامي 1964 و1965م) يقع في مجلدين 1309 صفحات.

32- كتاب البيع (خمسة مجلدات): أثر نفيس في الفقه الاستدلالي في الأبواب المختلفة المتعلقة بالبيع والتجارة، كتبه سماحته في الفترة ما بين عامي 1380 و1396هـ (1961 و1976م) في النجف الأشرف، تقع المجلدات الخمسة معاً في 2371 صفحة.

33- الحكومة الإسلاميّة أو ولاية الفقيه: يضم الكتاب آراء الإمام الاجتهادية حول الحكومة الإسلاميّة، وحول عدم إمكانية الفصل بين الدين والسياسة، وحول ولاية الفقيه في زمن الغيبة، وقد عرضها الإمام على شكل سلسلة من الدروس كان قد ألقاها في النجف الأشرف وذلك في عام 1969م.

34- كتاب الخلل في الصلاة: كتاب ضم آراء الإمام الخميني الاجتهادية والاستدلالية حول مبحث الأحكام الفقهية للخلل في الصلاة كتبه الإمام باللغة العربية في السنوات الأخيرة من إقامته في النجف الأشرف يقع الكتاب في 314 صفحة.

35- الجهاد الأكبر: دروس للإمام الخميني حول ضرورة وأهمية تهذيب النفس ألقاها في النجف الأشرف.

36- تقريرات دروس الإمام الخميني: إضافة إلى مؤلفات الإمام الخميني في مباحث علم الفقه والأصول، فقد كتبت العديد من التقريرات عن دروسه من قبل طلابه، وقد تمَّ طبع العديد منها إلى الآن.

37- توضيح المسائل (رسالة عملية): كتاب يضم فتاوى الإمام الخميني في أبواب الفقه المختلفة، كتبه سماحته باللغة الفارسية ليكون رسالة عملية ينتفع منها مقلدي الإمام.

38- مناسك الحج: فتاوى الإمام الخميني حول أعمال ومناسك الحج، ويقع الكتاب في 272 صفحة.

39- تفسير سورة الحمد: تفسير عرفاني لفاتحة الكتاب (سورة الحمد المباركة) وهذه الرسالة هي مجمل ما عرضه الإمام الخميني من موضوعات حول سورة الحمد خلال عدة أحاديث في عام 1358هـ.

40- استفتاءات: مجموعة من فتاوى الإمام الخميني ردّ بها على أسئلة الجماهير الشرعية في الأبواب الفقهية المختلفة وخصوصاً المستحدثات من الأمور.

41- ديوان شعر: كتب الإمام الخميني منذ صباه بعض القصائد الشعرية العرفانية والسياسية والاجتماعية، غير أن القسم الأعظم مما كتبه في الماضي فقد جمعت في كتاب مستقل أطلق عليه اسم "ديوان الإمام".
يقع الكتاب في 445 صفحة.

42- الرسائل العرفانية: عدّة رسائل كتبها الإمام الخميني إلى بعض أقاربه وأرحامه ضمنها بعض الإشارات الأخلاقية والمسائل العرفانية والتربوية.

43- الوصيّة السياسية الإلهيّة:عرض الإمام في هذه الوصية أهم الإرشادات حول المسائل السياسية والاجتماعية في المجتمعات الإسلاميّة والمجتمع البشري على العموم، وفي قالبٍ من التحليلات الوثائقية والنصائح المشفقة، وقد ترجمت أيضاً إلى مختلف اللغات.

44- صحيفة النور (22 مجلداً). وفيها أثار كثيرة على أساس تسلسلها الزماني. والكثير من الرسائل والبيانات والأحكام الصادرة عن الإمام قدس سره. وقد نشرت مع مجلد خاص كفهرس ومرشد.